音乐学专业开设于1981年，为云南省首个开办音乐学专业的高校。2002年，在成立新葡萄8883官网AMG的基础上，结合专业和特色发展需求，在原来音乐表演和音乐教育两个专业基础上组建了音乐学系。音乐学专业2003年获得硕士学位授予权，2019年获批省级一流专业建设点。

音乐学系现设中西方音乐史教研室、民族音乐学教研室两个教研室。开设了《中国音乐史》《西方音乐史》《音乐学写作基础》《专业主科与论文写作》《音乐美学基础》《音乐学文献导读》《中国传统音乐概论》《世界民族音乐概论》《云南民族音乐概论》等主干课程。其中，《云南民族音乐概论》2022年被评为省级课程思政示范课程，2023年被认定为国家一流课程，《音乐美学基础》被评为省级精品课程。

音乐学系现有专任教师12人，其中，教授4人，副教授3人，硕士、博士专任教师12人，博士后1人，柔性引进授课专家2人，博士生导师2人，硕士生导师6人。另有省级课程思政教学名师团队1个、省级优秀教学团队1个。

音乐学系注重立足本土，把研究与传承本土音乐文化作为办学特色，立足云南民族文化资源，以培养少数民族音乐文化研究人才为己任，发展成果不断涌现。近年来出版了多部教材，如《二十五史音乐志》《云南原生态民族音乐》《云南特有民族原生音乐》《云南民族乐器图录》《中国南传佛教音乐的人类学研究》《文化记忆与歌乐舞韵》等。